Parmi toutes les choses que vous avez entendues sur le COVID-19 en 2020, il y a le test utilisé pour détecter si une personne est contaminée par le virus, le fameux test RT-PCR ou simplement PCR.
Vous avez certainement déjà entendu parler de ce test, par un professionnel de la santé ou dans la presse. Le test PCR est utilisé pour détecter la présence (ou non) du virus dans le corps d'une personne.
Le test RT-PCR n'est pas le seul à pouvoir détecter le virus, mais il est, comparé aux autres méthodes, le plus précis et le plus fiable. Un autre test est le test sérologique conventionnel qui détecte des niveaux d'anticorps spécifiques dans des échantillons de sang.
Les lettres de RT-PCR signifient Transcription inverse Réaction en chaîne de la polyméraseDepuis des décennies, les scientifiques l'utilisent pour produire des copies multiples de matériel génétique.
En d'autres termes, dans ce cas, davantage de matériel génétique du SARS-CoV-2, qui est utilisé comme empreinte digitale pour attester la présence du virus dans les échantillons de nez, d'oreilles ou de salive prélevés sur les patients. S'il y a des virus cachés dans l'échantillon, même en petites quantités, il sera capable de les détecter en raison de son cycle de copier-coller. C'est pourquoi le test RT-PCR est si fiable.
Le test est une méthode comportant essentiellement deux étapes à l'intérieur d'un cycle de température, qui effectue un processus de copier-coller d'un morceau de matériel génétique, qu'il s'agisse d'ADN ou d'ARN.
Le test nécessite un machine thermocycleur qui dispose d'une contrôle de la température et de la durée. Au cours de plusieurs cycles de température, le matériel génétique viral augmente. Un exemple de cycle de température est présenté ci-dessous.
La méthode nécessite deux enzymes principales, la transcriptase inverse (d'où le "RT" dans le titre) et l'ADN-polymérase. Chacune d'entre elles a une phase d'action et une fonction. Dans la figure ci-dessus, la phase jaune du cycle est celle où la RT agit, et la phase rouge est celle où l'ADN-polymérase fait son travail.
La première enzyme fabrique le brin d'ADN complémentaire à partir du virus ARN, ce qui permet à la seconde enzyme d'effectuer le travail de copier-coller à partir du nouveau brin d'ADN qu'elle vient de fabriquer, augmentant ainsi la quantité de matériel génétique présent. Cette amplification permet de caractériser et/ou de manipuler le matériel génétique, ce qui ne serait pas possible dans une plus petite quantité.
Pour que tous ces processus se déroulent, les enzymes ont besoin de l'aide d'une petite (ou d'une grande) molécule appelée AMORCE. L'amorce a pour fonction d'indiquer l'endroit où l'enzyme doit commencer à étendre les brins, sans quoi le processus de copier-coller de l'ADN-polymérase ne démarre pas.
L'amorce peut être choisie avec une forme aléatoire ou spécifique. Il est très important de connaître la carte génétique du vírus dans des cas comme celui-ci, afin de pouvoir utiliser des amorces spécifiques pour augmenter l'efficacité et la fiabilité des résultats.
Si vous êtes curieux comme nous et que vous souhaitez en savoir plus sur la RT-PCR, vous pouvez consulter les informations suivantes cet article scientifique ici même mais voici en substance tout ce qui est nécessaire pour effectuer le test :
Le matériel génétique viral, l'ARN
Transcriptase inverse et enzymes de l'ADN polymérase
PRIMAIRES
Nucléosides triphosphates
et colorants rapporteurs fluorescents :
Pour connaître les résultats d'un échantillon qui peut ou non être contaminé par le virus COVID-19, le test des colorants rapporteurs fluorescents est utilisé en combinaison avec le test RT-PCR. Le test est basé sur la présence ou non d'un signal fluorescent dans l'échantillon. En l'absence de signal, le test peut être considéré comme négatif ou faussement négatif. En présence d'un signal intense, le test peut être considéré non seulement comme positif pour la présence de vírus, mais aussi comme une maladie à un stade avancé.
Mélangez tous les ingrédients et mettez-les dans la machine à thermocycle.
La première étape du test est illustrée dans l'infographie suivante. L'enzyme RT produit la première copie du matériel génétique du virus présent dans l'échantillon. La deuxième étape de la méthode RT-PCR est illustrée ci-dessous. L'amorce indique la position de départ et l'ADN-polymérase, par le biais d'une réaction enzymatique, commence à étendre les brins d'ADN.
Enfin, cette image est une micrographie électronique du virus SARS-CoV-2, et il est possible de voir parfaitement la structure du virus. N'est-ce pas magnifique ?
Le test est complexe et n'est pas aussi simple qu'il n'y paraît, mais je parie qu'avec les infographies, il est beaucoup plus facile de comprendre la vue d'ensemble de son fonctionnement, n'est-ce pas ?
Vous pouvez le faire avec n'importe quelle information scientifique que vous souhaitez utiliser. Attention au graphique. La plateforme est là pour vous donner de l'autonomie afin de mieux communiquer les informations scientifiques. Pour en savoir plus sur l'utilisation de la plateforme et si vous avez besoin d'aide, n'hésitez pas à nous contacter.!
Référence
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Nouveau coronavirus SARS-CoV-2 | Ce mi... | Flickr. Disponível em : . Accès : 23 jul. 2020.
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