Avez-vous déjà essayé de créer une illustration moléculaire avec des visualiseurs moléculaires classiques ? Si la réponse est oui, vous connaissez déjà la difficulté.
Vous devez trouver une version gratuite qui ne plante pas votre ordinateur et passer des heures à essayer de comprendre comment il fonctionne, éventuellement en codant. Il faut se battre avec des programmes compliqués, peu intuitifs et qui nécessitent souvent une licence.
Il existe une solution, qui s'appelle Imageur de protéines!
À propos de l'imageur de protéines
Imageur de protéines est une visionneuse moléculaire en ligne gratuite qui permet de créer des illustrations moléculaires en quelques clics. Il a été développé par des scientifiques du Studio d'imagerie 3D des protéines dans le but de rationaliser l'illustration des protéines.
Pourquoi Protein Imager ?
Ce qui différencie Protein Imager des autres visualiseurs moléculaires est sa simplicité et son accessibilité. Il vous suffit de vous connecter à l'aide de votre adresse électronique et d'une connexion Internet pour accéder à toutes les fonctionnalités de Protein Imager.
Protein Imager possède une interface conviviale qui permet de personnaliser l'illustration moléculaire dans les moindres détails. L'utilisateur peut choisir parmi différents styles prédéfinis (cartoony, réaliste, surface à gros grain) ou personnaliser la visualisation à sa guise.
Les représentations moléculaires (surface, dessin animé, sphères, bâtons, etc.), les modes de coloration, les couleurs d'arrière-plan, l'ombrage et l'occlusion ambiante ne sont que quelques-uns des paramètres réglables avec lesquels les utilisateurs peuvent jouer.
Des outils d'analyse de données tels que la superposition de structures, la visualisation de séquences et les sélections sont également disponibles pour les experts.
De plus, il est entièrement en ligne, ce qui signifie qu'il n'y a pas d'installation locale, pas de versions obsolètes ou de problèmes de compatibilité avec vos systèmes d'exploitation. Chaque rendu s'appuie sur un serveur dédié et le temps de rendu est généralement inférieur à 1 minute, en fonction de la complexité de l'illustration.
Qui utilise l'imageur de protéines ?
De l'étudiant au scientifique chevronné, Protein Imager est si facile et si intuitif que tout le monde peut en profiter. Les utilisateurs sont libres de laisser libre cours à leur créativité et de créer des illustrations scientifiques à des fins diverses.
De nombreux scientifiques ont adopté Protein Imager pour illustrer les résultats de leurs recherches dans leurs articles ou leurs résumés graphiques.
Imageur de protéines utilisé par scientifique Matteo Oliverio pour créer des abstractions graphiques.
Les plus créatifs conçoivent des couvertures de journaux avec Protein Imager. Les passionnés de communication scientifique utilisent Protein Imager pour concevoir des visuels accrocheurs pour leurs posts sur les médias sociaux.
Professeur Syma Khalid de l'Université d'Oxford a réalisé la conception de la couverture de mai 2021 de la revue Structure, volume 29, numéro 5.
Enfin, Protein Imager offre la possibilité d'exporter les molécules sous forme de fichiers volumétriques (format VRML2) utilisés par les illustrateurs médicaux dans les programmes graphiques 3D tels que Blender, Cinema 4D, Maya.
Image du portfolio du studio d'illustration scientifique BioSciVisuals. Protein Imager a été utilisé pour illustrer les molécules incluses dans le graphique de l'affiche finale, parallèlement à des outils d'illustration professionnels.
Donnez un coup de fouet à vos illustrations
Passons en revue les étapes de base pour commencer votre voyage dans l'illustration, d'accord ?
1 - Charger la structure moléculaire
Aller à Imageur de protéines et téléchargez n'importe quelle structure moléculaire depuis votre ordinateur ou récupérez-la dans des bases de données biologiques telles que la Protein Data Bank ou la base de données Orientations of Proteins in Membranes (OPM).
2 - Personnaliser
Dans le panneau de structure à droite, choisissez la représentation moléculaire et les schémas de couleurs, dans les panneaux de visualisation, réglez les ombres, les lumières, l'occlusion ambiante et choisissez simplement un style prédéfini.
3 - Obtenir l'image
Une fois que vous êtes satisfait de l'aspect de votre structure, demandez le rendu.
Dans quelques minutes, vous pourrez télécharger l'illustration en haute qualité à partir du panneau de rendu. Notez que pour demander un rendu, vous devez vous inscrire avec une adresse électronique valide.
4 - Partagez-le avec vos collaborateurs
Lorsque vous êtes satisfait de votre travail, vous pouvez l'enregistrer dans le dossier de l'utilisateur, qui peut contenir jusqu'à 25 Mo. Vous pouvez obtenir un lien pour chaque projet afin de le partager avec vos collaborateurs pour que tout le monde soit sur la même longueur d'onde.
Mind the Graph et l'imagerie protéique 3D
Bien entendu, 3D Protein Imaging et Mind the Graph forment le meilleur partenariat qui soit !
Vous pouvez utiliser votre image de protéine en 3D et la télécharger dans votre création sur Mind the Graph en une seconde. Pour apprendre à télécharger des images, vous pouvez regarder un didacticiel vidéo. ici même.
Ou bien, allez à votre création Mind the Graph, cliquez sur Plus d'informations au bas de votre menu de gauche, puis Téléchargerchoisissez votre image, et une fois chargée, choisissez et faites glisser l'image vers votre espace de travail, et c'est fait !
En outre, vous pouvez choisir n'importe quelle illustration disponible dans la galerie Mind the Graph pour l'utiliser avec vos images de protéines.
La galerie Mind the Graph propose de nombreuses figures visuellement attrayantes pour vos recherches, avec plus de 40 000 illustrations scientifiquement exactes dans plus de 80 domaines populaires. Si vous avez besoin d'une illustration, vous pouvez la trouver sur Mind the Graph.
Toutefois, si vous n'avez pas trouvé ce que vous vouliez ou si vous avez besoin d'une illustration très spécifique, vous pouvez demander une illustration personnalisée, et l'équipe d'illustrateurs de Mind the Graph la concevra pour vous. Pour cela, il vous suffit de remplir le formulaire Mind the Graph Demander une icône à l'intérieur de votre espace de travail, avec une brève explication et une image de référence. Dans la semaine qui suit, vous recevrez votre illustration personnalisée.
Incroyable, non ?
Regardez la vidéo sur la façon de créer votre figure scientifique à l'aide de Mind the Graph et utilisez les images externes de 3D Protein Imaging.
Cet article a été rédigé en collaboration avec Martina Maritan.Responsable de la communication Imagerie 3D des protéines.
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